El código secreto es una novela histórica que alterna entre dos líneas temporales: En 1943, Isabel Cooper y sus colegas descifradoras de códigos trabajan en la Estación HYPO en Pearl Harbor, descifrando secretos en una carrera para derrotar al enemigo durante la guerra en el Pacífico. Isabel busca vengar la muerte de su hermano, pero su vida da un giro inesperado al conocer al mejor amigo de este, un piloto con sus propios secretos. En 1965, la periodista novata Lu Freitas regresa a Hawái para cubrir la inauguración del Hotel Mauna Kea Beach. Cuando un huésped de alto perfil desaparece, Lu se une a un fotógrafo veterano para desentrañar el misterio, descubriendo un secreto de la guerra que solo un descodificador de códigos puede resolver.